Μοναχισμός

Ο προσκυνητής διασχίζοντας τον ευρύχωρο προαύλιο χώρο, και ανεβαίνοντας τη λιθόκτιστη κλίμακα που απολήγει σε ελεύθερο πλάτωμα με πλευρικά κάθιστρα, όπου στηρίζεται το ένα άκρο οριζόντιας ξύλινης γέφυρας. Το σύστημα αυτό παραπέμπει στις κινητές γέφυρες μπροστά από τις πύλες μεσαιωνικών κάστρων. Πάνω από την πύλη προβάλλει απειλητικά ο καταχύτης για να αποθαρρύνει τους πειρατές. Ο κορυφαίος άξονας της εξωτερικής πόρτας και του καταχύτη επιστέφεται από ένα δίβολο νησιωτικό κωδωνοστάσιο. Ο προσκυνητής περνά από την χαμηλή καστρόπορτα, για να βρεθεί σε εγκάρσια στοά και στην είσοδο του Καθολικού και στην μικρή και γραφική εσωτερική αυλή, συναντώντας μια θελκτική κλιμάκωση όγκων και μορφών, σε αντίθεση με την αδιάρθρωτη εξωτερική τοιχοποιία του οχυρωμένου κιβωτιόσχημου κτίσματος. Το αίθριο περιβάλλεται στις τρεις πλευρές από τοξοστοιχίες. Στο ισόγειο υπάρχει η θολωτή αίθουσα του αρχονταρικίου, το κελλίον του αγίου Αρσενίου που χρησιμοποιείται ως εξομολογητάριο, και άλλοι βοηθητικοί χώροι. Οι όροφοι στεγάζουν τα κελλιά, την τράπεζα και το συνοδικό. Σε αντίθεση με την εξωτερική λιτότητα, στο εσωτερικό παρατηρείται γραφική πλαστικότητα όγκων και επιφανειών.

Το Καθολικό είναι δίχωρο με οξυκορυφοκαμαροσκεπή κλίτη. Δεν υπάρχει γραπτή μαρτυρία για το έτος ανεγέρσεως του ναού. Στο νότιο κλίτος δεσπόζει το ξυλόγλυπτο επιχρυσωμένο τέμπλο. Στο δεξιό από τα εκατέρωθεν της Ωραίας Πύλης διάκενα βρίσκεται μια εαιρετικά σημαντική τετραμερής εικόνα (Ευαγγελισμός, Βαϊφόρος, Σταύρωσις, Ανάστασις) διά χειρός μεγάλου Κρητικού αγιογράφου του 16ου αιώνα, τον οποίον χαρακτηρίζει η χάρη της αβασάνιστης και ανεπιτήδευτης πινελιάς. Αριστερά τοποθετείται ένθρονος βρεφοκρατούσα, έργο του 17ου αιώνα.

Το κυρίως Καθολικό, το βόρειο δηλαδή μέρος του δικλίτου συγκροτήματος, έχει όπως και το νότιο απλή μορφή, και είναι χώρος κατανυκτικός, στον οποίο δεσπόζει το επιχρυσωμένο ξυλόγλυπτο τέμπλο με τις δεσποτικές εικόνες του έτους 1633, μεταξύ των οποίων η Κυρία Φανερωμένη και η Κοίμησις. Χαμηλά έμεινε ακάλυπτο ένα τμήμα, στο οποίο είχε τεθεί αργυροσκεπές εικονίδιο της Οδηγήτριας, προφανώς γτο «ιερόν παλλάδιον» της Μονής. Το εικονίδιο αυτό εκλάπη το 1962 από αρχαιοκάπηλους. Το γεγονός αυτό προκάλεσε θλίψη σε όλη τη Νάξο. Στο δωδεκάορτο υπάρχουν εικόνες του μεγάλου Κρητικού ζωγράφου ιερομονάχου Βίκτωρα, ο οποίος γύρω στο 1660 βρισκόταν στην Νάξο.

Το δάπεδο του κυρίως Καθολικού είναι στρωμένο με ορθογώνιες μαρμαρόπλακες, οι οποίες εν μερει καλύπτουν τάφους ιερομονάχων.

Η παλαιά βιβλιοθήκη της Μονής περιλαμβάνει 250 παλαίτυπα βιβλία, τόν κώδικα της Μονής καθώς και πολύτιμα έγγραφα από τον 17ο αιώνα.